興南汽車客運公司創立於民國31年9月3日，係由日據時代之台灣輕鐵株式會社、新化軌道株式會社及佳里商會合併而成，初名「興南乘合自動車株式會社」，專營汽車客運。文炳先生之翁辛西淮先生，擔任取締役社長、文炳先生擔任常務取締役。民國35年1月20日更名為「興南公共汽車股份有限公司」，同年11月25日文炳先生升任為副董事長。民國36年4月26日，奉台灣省公路局之指示，改名為「興南汽車客運股份有限公司」迄今。 創立初期，總公司及台南總站設於台南市成功路和西門路三段交叉路口，爾後為因應環境之需要，乃於民國56年8月15日總公司先行遷移至逢甲路284號辦公 ，台南總站則於60年2月4日及8月16日分二梯次遷至總公司樓下營業。62年6月1日保養廠及機料課遷往新化作業，而原廠地變更為總站停車場。民國65年為擴展業務，加強服務品質，遂在總站旁增購土地興建辦公大樓及總站候車室，迨至66年5月中旬全部竣工。嗣因台灣經濟快速成長，客運業務亦逐日據增，車輛數目逐年遞增，停車場不敷使用，而保養場及機料課又遠離總公司，殊感不便。遂於民國67年4月18日在安平工業區新樂路購置土地，68年5月3日鳩工興建修理廠房及辦公大廈，69年6月30日全部完工，7月17日總公司及修理廠、機料課遷入。興南客運在多年來不斷的努力之下，曾於民國67、70年兩度榮獲中華民國道路協會評選為「民營汽車客運業優良機構」，誠屬不易。

興南汽車客運股份有限公司於103年11月份導入ISO-9001:2008品保系統，建立＂持續改進，客戶滿意＂之理念，確保本公司符合顧客需求與法令規章的要求，以提高顧客滿意度之目標，並於106年10月改版為ISO-9001:2015品質管理系統。