本院於民國77年成立，位於台南縣關廟鄉五甲尾，以收容身心障礙者為主，若其家庭狀況經濟不佳者，經里長開立證明後，提供免費之教護照顧；民國90年另購土地於台南縣歸仁鄉六甲村成功路之土地，正式取得合法社福用地，配合政府之機構小型化、社區化為目標，建設30人之小型教養機構，於民國95年興建完工，申請立案核可，民國95年7月審查通過，民國96年3月正式取得立案執照，並更名為台南縣私立五甲教養院，正式開辦收容身心障礙者養護事項;100年因台南縣市合併，更名為台南市私立五甲教養院。

經營理念
本院以「點燃愛心、溫暖人間」為服務宗旨，以「愛心、耐心、信心、同理心、創新」來提供教養與服務，並以小型化之機構服務方式提升品質與個別化發展為服務目標，滿足每一位身心障礙者之需求，建立尊嚴、人權與自主性，使其自我目標實現，早日回歸社會。